A Diretoria de Vigilância em Saúde abrange,vigilância epidemiológica e controle das doenças transmissíveis; vigilância de óbitos; a vigilância das doenças e agravos não transmissíveis; vigilância ambiental; vigilância da saúde do trabalhador; vigilância sanitária, centro de controle de zoonoses, entomologia, endemias, promoção da saúde, núcleo de educação permanente e central de imunização.

Incluir na pasta de vigilância em saúde, Programa de Controle de
Tuberculose e Hanseníase e Atendimento médico ambulatorial nas
especialidades de Infectologia, Ginecologia e Obstetrícia
relacionados ao programa IST/Aids e Hepatites Virais.